清洗生化棉時，應遵循以下步驟：
將生化棉放入清水中，輕輕捏幾下，注意不要洗得太乾淨。因爲生化棉內部附着了大量有益細菌，這些細菌對維持魚缸水質的清澈度至關重要，如果洗得太乾淨，這些細菌需要重新繁殖，可能導致魚缸水變得不那麼清澈。
清洗時，最好使用魚缸內的水或事先準備好的水，而不是自來水。
避免用力搓洗或扭幹，以免破壞棉的深層結構。可以簡單地將生化棉泡在水中攪拌，使髒物甩出。
如果需要使用清潔劑，請謹慎使用，並確保徹底清洗乾淨。
清洗頻率不宜過高，一般可每半個月到一箇月清洗一次，具體頻率取決於棉的髒污程度。