使用生石灰清塘的最佳方法主要有兩種：乾法清塘和帶水清塘。以下是這兩種方法的具體操作步驟：
乾法清塘。首先，將池水排乾，保留水深大約5至10厘米。在池底四周挖幾個小坑，將生石灰倒入小坑內，加水化開成石灰漿後，不待冷卻即向四周均勻潑灑，確保邊緣和魚池中心都被潑到。為了提高效果，可以在清塘後的第二天使用鐵耙將池底淤泥耙動一下，使石灰漿和淤泥充分混合。乾法清塘時，注意不要將水完全排乾，以防泥鰍等鑽入泥中無法被殺死。生石灰的用量一般為每畝60至75公斤，如果石灰質量差或淤泥多時，應適當增加石灰用量。
帶水清塘。這種方法適用於排水不方便或時間緊迫的情況。在水池中保留一部分積水，將生石灰放入大木盆或容器中化開成石灰漿。操作人員穿防水褲下水，將石灰漿全池潑灑。帶水清塘時，一般每畝平均水深1米使用125至150公斤生石灰。由於帶水清塘使用較多的生石灰並且潑灑過程較痲煩，所以在生產中較少採用這種方法。
在進行生石灰清塘時，應選擇晴朗的天氣，並確保使用的生石灰質量良好，避免使用潮濕或已經潮解的生石灰，以免降低清塘效果。