生蚝的保存方法有多種，主要包括：
常溫保存。將生蚝放入清水中，不浸沒，放置在常溫乾燥的環境下。或者不使用水，只在盆的表面蓋上濕布，放在陰涼通風的地方。
冷藏保存。
將生蚝清洗乾淨，用濕毛巾包裹後放入保鮮盒中，保持濕潤，然後放入冰櫃冷藏區。
生蚝未清洗前存放於冰櫃中，最多可存活一周。若第二天食用，可清洗後放一層水保持濕潤，或蓋濕布，放在陰涼通風處。
生蚝應存放在未清洗的情況下，洗滌會導致其失去養分和鮮味。在食用前清洗即可。
儲存溫度應保持在0~4攝氏度，避免將生蚝放置在冰櫃門上，因為那裡的溫度波動較大。生蚝最好在2~3天內食用完畢，超過此時間會影響其口感和食用安全。食用前檢查生蚝的新鮮度，殼已開裂或死亡的應立即丟棄。