留抵稅額的計算主要涉及增量留抵稅額和存量留抵稅額兩種情況。
對於增量留抵稅額，它是指在留抵退稅制度實施後，即2019年4月1日以後納稅人新增加的留抵稅額。如果納稅人當期的期末留抵稅額大於2019年3月底的期末留抵稅額，那麼增加的部分就是增量留抵稅額。
對於存量留抵稅額，它是指留抵退稅制度實施前納稅人形成的留抵稅額。確定存量留抵稅額時，以納稅人2019年3月底的期末留抵稅額為標準值。如果納稅人當期期末留抵稅額大於或等於2019年3月底的期末留抵稅額，則以2019年3月底數為存量留抵稅額。如果納稅人當期期末留抵稅額小於2019年3月底的期末留抵稅額，則以納稅人當期的期末留抵稅額為存量留抵稅額。一次性退還存量留抵稅額後，存量留抵稅額為零。
允許退還的留抵稅額按照以下公式計算確定：允許退還的增量留抵稅額=增量留抵稅額×進項構成比例×100%；允許退還的存量留抵稅額=存量留抵稅額×進項構成比例×100%。進項構成比例是指2019年4月至申請退稅前一稅款所屬期已抵扣的增值稅專用發票、收費公路通行費增值稅電子普通發票、海關進口增值稅專用繳款書、解繳稅款完稅憑證註明的增值稅額占同期全部已抵扣進項稅額的比重。