皮卡丘不進寶貝球的原因主要有以下幾點：
保護小智：在電影中，皮卡丘已經受了傷，但它仍然不願意進寶貝球，因爲它想保護小智，不想讓他受到更多的傷害。
對戰鬥的熱情：皮卡丘和小智一樣，對戰鬥充滿着熱情。它拒絕進化，因爲它相信憑藉自己的能力也能戰勝對手。
信任問題：小智通過保護皮卡丘不被烈雀羣襲擊並跑着把它送到寶可夢中心並悉心照顧，終於取得皮卡丘的信任。皮卡丘甚至也會如同守衛者或者哥哥般照顧小霞的波克比，也會在其他寶可夢吵架時負責調解他們。
空間問題：皮卡丘不願進入精靈球，可能是因爲嫌棄精靈球空間太小。
進化問題：皮卡丘不願進入精靈球，可能是因爲不想進化。
綜上所述，皮卡丘不進寶貝球的原因是多方面的，包括保護小智、對戰鬥的熱情、信任問題、空間問題以及進化問題。