鑑定費用的負擔原則主要取決於兩個因素：
敗訴方承擔原則。在司法實踐中，如果鑑定是為了確定案件事實，如交通事故責任、醫療事故等，那麼鑑定費用通常由敗訴方承擔。這意味著，如果法院判決一方完全敗訴，則鑑定費用由敗訴方全額承擔；如果雙方各有勝負，則根據判決結果按比例分擔鑑定費用。
誰主張、誰負擔原則。在訴訟過程中，如果鑑定是為了確定案件中的某個具體事實或問題，如傷殘等級、疾病診斷等，則鑑定費用的負擔原則是誰主張、誰負擔。這意味著，提出鑑定申請的一方或對鑑定事項負有證明責任的一方應預先支付鑑定費用，最終由敗訴方承擔。
此外，特定情況下的費用負擔，如工傷職工或其直系親屬提出的初次傷殘鑑定申請，鑑定費用由用人單位或工傷保險基金支付；如果是重新鑑定或複查鑑定，申請人需先墊付費用，若結論與原鑑定不一致，則費用由作出初級鑑定結論的機構承擔。