《真女神轉生3》的故事圍繞著主人公久遠飛鳥展開。久遠飛鳥因為命運的引導，成為了神選者，要去拯救世界。他遇到了各種各樣的人物，如妖怪女皇蕾娜、混沌惡魔迪亞魯卡等。這些人物在故事中都有自己的背景和故事，以及與主角久遠飛鳥的互動關係。故事的主要情節圍繞著久遠飛鳥如何通過自己的行動和選擇，去面對各種挑戰和危機，最終實現拯救世界的目標。
在這個過程中，久遠飛鳥需要不斷做出選擇，這些選擇將影響故事的發展和角色的命運。遊戲中的分支劇情也相當豐富，提供了多種不同的結局。總體來說，《真女神轉生3》是一個充滿冒險和挑戰的故事，具有深度和複雜性，玩家可以在其中體驗到不同的角色和情節。