碧藍航線的結局是多方面的，具體如下：
和解與合作：碧藍航線與赤色中軸達成和解，雙方攜手擊退塞壬。
個人結局：動畫中，波斯貓短暫露面並有一句臺詞。天城消失，赤城撲在企業懷裏哭泣，最終回到加賀身邊。長門認爲蟒蛇事件是整個重櫻的責任，因此對赤城和加賀的處分不會太重。
戰鬥結果：塞壬損失了一箇大蟒蛇和一堆量產型，這些量產型無法變成艦娘，因此沒有人關心它們的命運。高級個體基本無恙，只有一箇個體在與企業互動時身體消失，但只剩下一顆頭，似乎仍然健康。
基地建設：鐵血和重櫻正式移居碧藍航線的新設基地，凌波不用和獨角獸她們分開，感到非常開心。明石痛苦地回到被不知火奴役的狀態。
新BOSS：新設基地的BOSS是企業，貝爾法斯特認爲她需要一箇女僕來輔佐。
皇家方舟的快樂：作爲本作第一蘿莉控的皇家方舟，看到基地裏成倍增加的蘿莉數量，感到非常開心。
綜上所述，碧藍航線的結局是一箇皆大歡喜的HE，艦娘和塞壬的戰鬥有傷無亡，原本互相撕逼的艦娘們還因爲這場戰鬥和好了。希望這個世界繼續美好。