《神兵玄奇》中的武功有多種，各具特色和威力。例如：
軒轅通天勁。由軒轅皇帝所創，包含烈風旋、暴雷射、急雨旋、急電破四式，與神兵一起使用時威力大增。
神音三動。包括鳳翔動、龍騰動，是與神兵神舞配套的神功，可以通過音波攻擊敵人，同時也能療傷。
易骨經。一種能夠使修煉者的骨骼以不可思議的角度扭轉，從而在戰鬥中達到出其不意效果的武功。
玄銀罡氣。天地盟銀法王修煉的內功心法，能夠通過特殊武器吸取敵人血液。
盤古風沙訣。天地盟銅法王使用的武功，雖然名字大氣，但在實際戰鬥中的表現一般。
曇魂鬼法。羅剎宗鎮教神功，修煉大成後身法極速，如曇花現後即逝，疾逾鬼魅。
菩提證法神功。正宗佛門武學，分為五大禪次，各有一方守護神作招式配合，威力千變萬化、驚天動地。
這些武功各具特色，不僅在《神兵玄奇》中扮演著重要角色，也為不同角色提供了獨特的戰鬥風格和能力。