《神秘海域1》的流程攻略主要包括以下部分：
第一章。玩家需要沿著管子爬行，嘗試從懸掛的火車爬上去，途中會遇到斷掉的管子，此時玩家需要掛在管子上盪到對面，繼續向上爬直到到達最上端，然後跳到對面車廂的梯子上，一路奔跑到達安全地帶。進入車廂後，使用武器打開鎖住的車鎖，解決遇到的第一個敵人。繼續在車廂間爬行，觸發劇情後從車廂後部跳到對面的管子上，再次進入車廂，很快就可以到達陸地。
第二章。玩家需要跟隨隊友行動，在下水道中爬行。在一個地方，玩家需要與隊友配合，降低梯子並爬上去。到達頂部後掀開井蓋，跨過綠色管子，再次與隊友配合降低梯子後跳上去。玩家需要關閉蒸汽充滿的道路上的閘門，然後通過。接著，玩家會遇到一個裝有警報的門。一路沿著連線的紅色電線找到控制器並關閉它。進入剛才的門後，玩家需要消滅一個巡邏的保全。按照操作提示從掩體後衝出，從背後消滅他。跟著隊友下到庭院，消滅巡邏的保全，然後爬牆。上去後會發現兩個保全，與隊友一起消滅他們。繼續跟隨隊友跳下一層，消滅這一層站崗的保全，避開樓下保全的視線後跳下去解決他。來到大門前，發現又有警報器。從門爬上去向右，控制器就在那裡。之後就可以爬到二樓了。隊友會扔上一根繩子讓玩家爬上去。爬上去以後注意樓下的保全還是要解決一下。沿著牆體爬，然後走橫梁，跳到對面來到陽台。跟著隊友飛檐走壁，直到一個地方玩家需要悠到對面。
以上是《神秘海域1》遊戲中的部分關鍵任務和決策點。遊戲的主要目的是尋找寶藏，中途會面對各種威脅。