《神隱少女》的故事主角是北村玉堂、雲母和飛緣妖，講述了他們從成為神仙，到仙界動亂的故事。
北村玉堂是男主角，他被仙界的人追殺，因為不小心誤入了仙界，所以被迫躲藏起來。雲母是他的坐騎，也是他的得力助手。飛緣妖則是另一個主角，他是個美男子，但同時也是個危險的存在。他經常誘惑人類，然後將其殺害。然而，在北村玉堂和雲母為了躲避追殺進入妖怪的世界後，他們與飛緣妖的緣分也開始了。
儘管仙界和妖怪界常常發生衝突，但是也會有善良的妖怪幫助人們解決困難。北村玉堂、雲母以及一群性格各異的妖怪小夥伴們在種種歷練中不斷成長，經歷了種種風雨和考驗。最終他們憑藉勇氣和智慧成功解決了仙界動亂，重歸平靜的生活。
總的來說，《神隱少女》是一部充滿奇幻、冒險和溫情的故事。這個故事不僅展現了主人公們的成長和勇敢，也傳達了善良、勇氣和愛心的價值觀。