神魔之塔中的人物故事包括但不限於：
* 貞德。神界最強的大天使，她的前世因為單戀神界大BOSS黑龍諾亞並加入反抗軍對抗黑龍而成為千古罪人，但戰鬥時的貞德是最幸福、最無悔的。雖然身體化作神晶碎片轉生為妖塔的一員，記憶里仍殘留著黑龍與反抗軍的信息。
* 奧菲斯。身為神界歌王的他在轉生前留下了無數動人心魄的傳說，轉生後雖然身體變身一個普通少年，但仍保留著音樂方面的特殊才能。
* 黑龍諾亞。本作最大反派，企圖統治神界和魔界。為了打敗他，需要蒐集封印著各個神魔人物卡片的卡組來召喚強者助戰。
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