秦可卿的病根主要源於以下幾個方面：
性格因素：秦可卿是一個心思極重、聰明過人的人，她對聽到的事情會過度思考，這種過度的思慮導致了她的心病。
環境壓力：作為寧國府的重孫媳婦，秦可卿不僅要管理寧國府的上下事務，還要伺候公婆和丈夫，這些壓力使得她身心疲憊。
長期的精神肉體雙重折磨：秦可卿長期受到賈珍的逼奸，這種長期的折磨和恐懼加劇了她的病情。
月經不調：秦可卿最初被診斷為月經不調，這可能與她的心理狀態和生活環境有關。
與賈珍的私情：秦可卿與賈珍之間的私情被揭露後，她感到無地自容，這是導致她最終選擇自縊而死的直接原因。
綜上所述，秦可卿的病根是多方面因素共同作用的結果，包括她的性格、生活環境、與賈珍的關係等。這些因素交織在一起，最終導致了她的悲劇。