秦始皇的後人分佈較廣，有幾種不同的說法：
秦姓：有說法認爲公子扶蘇和胡亥的後代存活下來，並可能前往了日本。日本首相羽田孜曾公開承認自己是秦始皇的後裔。此外，秦始皇晚年追求長生不老，徐福帶領一批人渡海求藥，其中可能有秦始皇的子孫。徐福到達日本後未返回，其隨行的秦氏子孫可能在那裏開枝散葉。
趙姓：秦始皇的母親趙氏在秦始皇成爲帝王前使用過趙姓，因此趙姓中可能也有秦始皇的後人。
奉姓：秦獻次公子的後代在商鞅變法後因遭迫害而改姓“奉”，雖然他們並非秦始皇直系後代，但也是秦國皇室的嫡系後裔。
高姓：胡亥繼位後，公子高爲保家族安全主動提出爲秦始皇殉葬。其後人爲了避免胡亥的追殺，改姓爲高，從而保留了秦始皇的部分血脈。
以上說法均屬於民間傳說和歷史猜測，沒有確鑿的歷史證據支持。因此，秦始皇的後人具體在哪裏，仍然是一箇未解之謎。