秦始皇後人的姓氏主要包括：
趙姓：胡亥，秦始皇的第十八子，即秦二世，他的先祖是趙國的名將趙奢，後來他的後代以馬服為姓氏，逐漸省略了「服」字，以「馬」為姓。
姬姓：姬姓的始祖是周文王，秦始皇的後代中也有姬姓的存在。
嬴姓：秦始皇本人就是嬴姓，他的後代中也保留了這一姓氏。
胡姓：胡亥，秦始皇的第十八子，他的先祖是嬴姓，趙氏，名胡亥。
此外，還有其他姓氏如費、廉、黃、葛、徐等，這些姓氏的起源與伯益有關，伯益是嬴姓的始祖，他的後代以治水有功被封地，從而衍生出這些姓氏。還有江、秦、谷、梁等姓氏，這些姓氏多是以國名為發端，或許出自地名。
需要注意的是，雖然有提到大秦帝後得姓羋，這可能是指秦始皇的後代中也有羋姓的存在，但這與秦始皇直接的後代關係不大，因此在此不作為主要信息列出。