《移動迷宮》的結局是，特蕾莎在托馬斯身上提取了血清，找到瞭解藥，兩個人也表白吻在了一起。但有情人並未成眷屬，特蕾莎死了，托馬斯和一幫人逃到了避風港，開始了看似可以平靜的生活。只是在結尾的時候，托馬斯又拿出了那一管血清，他想，托馬斯內心是猶豫的。人類面臨滅絕，最後的城市也毀於一旦。除了這個寧靜的避風港，相信那些殘存的人類，依然在跟病毒作鬥爭。而他，這個惟一可以解救人類的人，卻躲在了角落裏。
最後一箇場景是中槍的托馬斯與曾經背叛過他的特蕾莎被困在烈火包圍的天台上無路可走，托馬斯伸出手拼命叫她上飛機，她也伸出了手，但沒有說話，只是望着托馬斯，她很掙扎，她捨不得托馬斯，同時她也是個背叛者，最後遲疑沒有上飛機，葬身火海。
影片結局看似一切好轉，但只是托馬斯和那些有着免疫病毒人類的美好而已。站在托馬斯的立場，制止了拿活人做人體實驗的組織，一路高歌，身後有無數被拋棄人的支持，好似正義附體，但其實站在WCKD的立場上，用少數人的犧牲換取全人類繼續生存下去的希望，他們又做錯了什麼呢？就像女主背叛托馬斯去到WCKD，她只是想研製出解藥，能讓更多的人繼續活下去，這麼一想，主角團倒更像暴民而非英雄了。