洗滌移液管時，首先檢查移液管的管口和尖嘴是否有破損，若有破損則不可使用。清潔移液管時，應確保整個內壁和下部外壁不掛水珠，以下是具體步驟：
用少量待洗溶液潤洗三次。潤洗時，將移液管橫置，使溶液浸潤至標線略高的管頸處，注意不要讓溶液流至上管口。
潤洗過的溶液應從移液管下口流出並棄之。
右手持移液管，左手握洗耳球。潤洗後，將移液管直接插入待吸液液麪下一到兩釐米深處。
吸液時先捏洗耳球驅出空氣，然後對準吸管上口吸取溶液，液麪升至標線以上後迅速移去洗耳球並用右手食指按住管口。
排液時將移液管緊貼容器內壁，保持容器與水平面約45度角傾斜，緩緩放出液體，最後在容器壁上停留15秒。
手指不得接觸移液管下端。
此外，還可以使用軟非織造布或軟毛巾輕輕擦拭移液管表面，去除異物或使用中性洗滌劑。用純水或蒸餾水浸泡溼布，以去除移液管上的所有清潔劑。移液管也可以進行高壓滅菌，具體步驟包括拆下安全錐形過濾器、將移液管放入消毒袋並高壓滅菌、冷卻和乾燥相關零件、安裝新的錐形過濾器。
對於不同污染程度的清洗，可以採用不同的方法。例如，使用1+3硝酸清洗、洗滌劑清洗、自來水沖洗、離子水或蒸餾水清洗等。清潔後，移液管應自然晾乾。