穿山甲主要用於內服和外用，內服時，穿山甲可以煎湯或製成散劑（粉末），煎湯時，用量一般為3-9克，而作為散劑時，則可以直接用溫開水沖服，或用熱黃酒送服。外用時，穿山甲通常被研磨成粉末，撒在患處或調敷使用。
穿山甲的使用需要遵循專業醫療建議，不要隨意使用，最好是在醫師的指導下與其他藥物配合使用。此外，穿山甲在使用前需要經過炮製，即將揀淨的穿山甲片與砂子一同炒至鼓起並呈金黃色，然後篩去砂子並放涼。醋山甲的製作方法類似，但需要在炮製後立即浸入醋中，然後漂洗並曬乾。
需要注意的是，穿山甲的使用有一些禁忌，例如氣血虛弱、癰疽已潰者及孕婦應避免使用。在使用穿山甲治療特定疾病時，最好在專業醫生的指導下進行，不能盲目用藥。