紅曲的製作過程主要包括以下步驟：
選材浸泡。選擇優質大米作為原料，將大米浸泡在水中一天左右，以確保大米充分吸收水分。
蒸煮大米。將浸泡後的大米放入蒸鍋中蒸煮，直到大米熟透。這一步驟需要控制好時間，以確保大米完全熟透。
降溫與混合。將蒸煮後的大米冷卻到適宜的溫度，然後與紅麴黴的培養基混合。培養基的製備通常使用一定比例的大米、紅曲、陳醋和熟米飯。
室內發酵。在適宜的溫度（約45度）和衛生條件下，進行室內發酵。發酵過程中，紅麴黴菌的生長和繁殖至關重要。
加溫發酵。通過加溫來促進紅麴黴菌的繁殖，加快發酵過程。這一階段可以在發酵室內進行曝曬。
曝曬與密封。發酵完成的紅曲應放在乾淨的竹蓆上暴曬。夏季需經常翻動，曬7個小時左右；其他季節曬半天左右。曬乾後，紅曲應密封保存。
此外，還可以通過傳統的古法來製作紅曲，例如使用暗紅色的紅土和粳米，讓紅曲真菌寄生於粳米中，經過一段時間的發酵使米粒呈現紅色。在整個製作過程中，需要注意溫度控制、材料的選擇和混合比例，以及發酵時間的掌握。