《絕代雙驕》的故事主角是小魚兒和花無缺，主要講述了兩個異母兄弟為了查找自己的身世真相，一路鬥爭、相互成長的故事。
在故事中，小魚兒是江魚兒的獨子，天資聰穎、機智過人，雖然調皮搗蛋、欺善怕惡、又好捉弄人，但本性善良、孝順、尊重他人。他的身世真相是他父親的好友江別鶴為他隱瞞的，他的身世真相在故事開始前夕才被揭曉。花無缺是江別鶴與花母的獨生子，武功聰智皆是小江城中的第一，因為與其母的約定，自小在孤島上長大，直到故事開始前才與眾人相識。
故事中還有眾多美豔動人的女性角色，如邀月、憐星、鐵心蘭等。邀月和憐星為了爭奪太極門的掌門人之位反目成仇，最後邀月死亡。鐵心蘭本是小魚兒的青梅竹馬，後與花無缺產生感情，卻因為對小魚兒的愧疚而在花無缺面前自盡。
故事結尾，小魚兒在眾人的幫助下揭露了江別鶴的真面目，並與花無缺達成和解，兄弟兩人共同管理太極門。
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