清洗羊肚菌時，應注意以下幾點：
水溫控制。使用大約45°到50°的溫水進行清洗，這個溫度可以使得羊肚菌的香味散發出來，同時不會破壞其口感。
浸泡處理。將羊肚菌放入適量水中浸泡，水量以剛好浸過羊肚菌表面爲宜，浸泡時間大約半小時，浸泡後水會變成酒紅色，這時羊肚菌即可撈出清洗。
清洗方法。將浸泡後的羊肚菌放入碗中，加入適量的清水，順時針方向打圈清洗，以清除小孔中的泥沙和雜質，重複此過程2到3次，直到碗底沒有泥沙沉澱。
浸泡水的利用。浸泡羊肚菌的水不要倒掉，讓其沉澱後，可以用來燒菜，因爲這酒紅色的水含有羊肚菌的精華。
擠水和儲存。清洗後，注意擠掉羊肚菌多餘的水分，然後放在乾淨的毛巾或廚房紙上瀝乾水分，備用。
此外，對於幹羊肚菌，需要先泡發再進行上述清洗過程。清洗時不要用力揉搓或擠壓，以免損失營養成分。