肖姓的起源較為複雜，主要源於古代的蕭姓，後來由於簡化字的使用，部分蕭姓被寫作肖姓。具體來看：
蕭姓的一個來源是出自子姓，以國為氏，是周代宋國微子啟的後裔。
蕭姓的另一個來源是古代嬴姓各部族首領伯益之後作士於蕭，便以蕭為姓，其後代延襲姓蕭。
肖姓的出現還與歷史上的簡化字政策有關。20世紀70年代，中國大陸推行二簡字之後，「蕭」字的所有義項都被合併到「肖」字，導致所有蕭姓被寫作肖姓。儘管後來二簡字被廢除，但由於戶籍管理部門的相關規章，更改姓氏較為困難，因此不少人沒有恢復蕭姓。
此外，肖姓還來源於外族改姓，如魏晉南北朝之後，北方戰爭紛亂、政權更迭頻繁，外族基因流入北方漢民中，北方蕭姓中融入了外族的血液。