肽聚糖是細菌細胞壁的主要成分，屬於多層網狀大分子結構。其結構主要包括以下部分：
雙糖單位。由N-乙醯葡萄糖胺(N-Acetylglucosamine，簡稱G)和N-乙醯胞壁酸(N-Acetylmuramic Acid，簡稱M)通過β-1,4糖苷鍵交替連線形成的聚糖骨架。
四肽尾。由四個胺基酸分子按L型與D型交替方式銜接而成的四肽側鏈。
肽橋。連線前後兩個四肽尾分子的五肽交聯橋，其連線方式是甘氨酸五肽的N端α-氨基與四肽C端D-Ala上的羧基連線，C端羧基與另一個四肽上L-Lys的ε-氨基連線。
這種結構使得肽聚糖具有很高的穩定性和機械強度，對於細菌細胞壁的完整性至關重要。