胺基酸螯合鈣的缺點主要包括：
引起胃部不適。這是最常見的不良反應，因為胺基酸螯合鈣在胃部溶解時可能對胃黏膜產生刺激。
引起過敏反應。特別是對胺基酸螯合鈣過敏的人群，可能出現過敏現象。
導致便秘。雖然這種情況較少見，但也存在可能導致服用人群出現便秘的可能性。
導致高鈣血症。長期大量服用可能導致疲乏無力、精神不集中、肌力下降等症狀，心功能不全的人群可能出現心律失常及洋地黃中毒。
增加泌尿系統結石的風險。長期大量服用可能增加結石形成的風險。
此外，胺基酸螯合鈣不適用於腎功能不全者或血鈣過高的人群，這些人群服用後可能會引起不良反應。在使用胺基酸螯合鈣時，還需要注意它不能與洋地黃類藥物合用。