膜蛋白的提取方法通常包括以下幾個步驟：
細胞或組織破碎。這可以通過冷熱交替法、反覆凍融法、超聲破碎法、玻璃勻漿法、自溶法或酶處理法實現。例如，可以使用液氮研磨組織，然後加入勻漿緩衝液及蛋白酶抑製劑，接著進行差速離心或蔗糖密度梯度離心，以分離出含有膜蛋白的組分。
去污劑的使用。利用去污劑（例如Triton X-100）選擇性溶解膜上的蛋白質。這種方法適用於從膜結構中提取疏水蛋白，去垢劑的選擇應根據其對目標蛋白質的提取效率決定。
蛋白質純化。提取的膜蛋白可能需要進一步的純化步驟，如使用色譜技術或等電點聚焦。
此外，還可以使用特定的離心管柱技術，這種方法起始材料需求少，可以分離出細胞膜組分而無需使用超高速離心。在提取過程中，應注意避免蛋白質的丟失、修飾或降解，以及儘可能去除干擾物質。