自交系是通過人工控制自花授粉的情況下，從單株開始，經過連續多代自交和嚴格選擇而產生的。這一過程不斷淘汰不良的穗行，選擇農藝性狀較好的單株進行自交，從而獲得農藝性狀較整齊一致、遺傳基礎較單純的系。自交系的特點是生活力強、產量高，且具有遺傳基礎純合和遺傳穩定的特性。
在自交過程中，自交系的生長勢和產量可能會受到一定影響，自交所結的種子播種後再生長出來的自交第一代植株，其生長勢、株高、果穗大小和產量均比上一代顯著衰退。這種衰退現象在經過一定代數的自交後會趨於穩定。
自交系在農業育種中有著廣泛的套用，尤其是在玉米和水稻等作物的雜交育種中。通過使用自交系，可以配製單交種或雙交種等，這些雜交種通常具有一定的雜交優勢，能夠提高作物的產量和抗性。不過，自交系的選擇對於實現高產的雜交種至關重要，因為不同自交系之間的組合會產生不同的雜交效果，產量差異可能很大。