自交衰退的原因主要包括以下幾點：
純合性增加：自交導致群體內純合體比率增加，這可能導致顯性度降低，因為顯性基因的掩蓋作用減弱，使得隱性有害基因得以表達。
隱性有害基因的暴露：自交過程中，純合性的增加會導致隱性有害基因被暴露出來，這些基因可能對生物的生活力、抗性或產量產生負面影響。
超顯性位點的丟失：自交可能導致超顯性位點的丟失，這是指在雜合狀態下表現出的優勢特性，在純合狀態下可能消失，從而影響生物的經濟性狀。
雜種優勢的衰退：在自交過程中，原本在F1中產生的雜種優勢的性狀可能會發生不同程度的衰退。這種衰退與雜合率的降低呈正相關，表明雜合率的減少是導致自交衰退的一個重要因素。
綜上所述，自交衰退的原因主要是由於自交導致的純合性增加，進而引起隱性有害基因的暴露、超顯性位點的丟失以及雜種優勢的衰退。這些因素共同作用，導致生物在生理機能、生活力、抗性和產量等方面的衰退。