船底清除通常採用以下幾種方法：
高壓水槍清洗。這種方法簡單且效果乾淨，但可能會損壞船底漆層。
噴砂處理。使用壓縮空氣將沙子高速噴射到船體表面，利用沙子的衝擊力和切削作用去除船體表面的物質。這種方法會生成大量粉塵，因此後來發展出了濕式噴砂，即用水混合緩釋金屬物質和沙子，減少粉塵污染。
潛水員清洗。如果船不靠岸，專業潛水員可以下水使用高壓水箱清洗船底，或使用無線遙控水下清潔機器人協助工作。這種方法在疫情防控期間尤為重要，因為它可以避免與港口及船上人員直接接觸。
船塢清理。這種方法包括進入船塢，使用高壓水槍、噴砂等方式徹底清理船底，耗費時間、人力、物力較大，但可以徹底清理。
此外，船底清洗作業的難度和安全風險較高，且清洗效率和覆蓋範圍有限。對於深吃水的船舶，底部可能難以清洗。