船舶代理主要負責在海上運輸中，代表船東、船舶管理人或承租人處理各種事務。
這些事務包括但不限於辦理船舶進出港口的申報手續、聯繫安排引航、靠泊、裝卸貨物的相關業務手續、組織貨源或客源、安排貨物配積載和船舶作業所需的拖輪等。船舶代理還負責辦理進出口貨物的申報手續、貨物報關、接運、倉儲、中轉及投保等。此外，船舶代理也負責代辦船舶修理、船舶檢驗、貨櫃跟蹤管理、貨櫃的進出口申報手續等相關業務。
船舶代理的服務非常全面，包括簽證辦理、船員接送、代購物料、食品、淡水、船員服務等。在船舶離港後，代理還負責處理一切未清的手續。