芋圓的保存方法取決於是否已煮熟和計劃保存的時間長度。
對於未煮熟的芋圓，可以分類密封后放入冰箱冷凍保存，這樣可以保存大約一箇月，食用時無需解凍，直接煮即可。
對於已煮熟的芋圓，有幾種保存方法：
密封保存。使用保鮮膜或保鮮盒密封芋圓，以防止其與空氣中的物質接觸，從而延緩變質和細菌滋生。
冷藏保存。將芋圓放入密封容器中，然後放入冰箱冷藏。這通常可以使芋圓保存2~3天。
冷凍保存。將芋圓放入密封袋或冷凍盒中，然後放入冰箱冷凍室。芋圓可以冷凍保存1~2個月。冷凍後的芋圓會變得稍微硬一些，食用前需要解凍。
此外，在把芋圓放在冰箱中保存的時候，可以往芋圓的外表面裹上一層澱粉或芝麻，這樣做不僅可以使拿出來的芋圓變得更香，使芋圓的口感更上一層樓，而且也可以稍微的延長芋圓保存的時間，這樣把它放在冰箱中，大概可以保存四天左右的時間。