花甲的保存方法取決於其新鮮程度和計劃的使用時間。以下是根據不同情況整理的保存方法：
新鮮花甲。直接放入水中加鹽浸泡，然後放入冰櫃保鮮層保存。
剛死亡的花甲。快速清洗後瀝乾水分，可放入冷藏室或冷凍室。
煮熟的花甲。再次放入鍋中燒開，需當天食用。
室溫下保存花甲。需要清洗乾淨後浸泡在鹽水中，加入少量食鹽和食用油有助於去除泥沙和細菌。
低溫保存法。將花甲放入冷藏或冷凍環境中，延緩呼吸和代謝，冷藏保存時，花甲可以保存數天，冷凍保存可數周至數月。
鹽水保存法。鹽水具有殺菌作用，可有效延長花甲的保存時間，一般建議使用濃度為3%~5%的鹽水。
油水混合保存法。在容器中加入適量清水和少許食用油，形成阻隔膜，減少空氣接觸，適用於短期保存。
真空包裝保存法。將清洗乾淨的花甲放入真空袋中，抽出空氣後封口，減少變質可能性。
在保存花甲時，還需注意定期檢查其質量，確保沒有異味、變色或變軟等情況。在食用前，應徹底清洗花甲，以確保食品安全。