花芽分化的作用是植物生長發育過程中非常重要的階段，它標誌著植物由營養生長向生殖生長的轉變，這一過程不僅涉及生理變化，也包括形態的變化，通常分為生理分化和形態分化兩個階段。
在生理分化階段，芽內生長點在生理狀態上向花芽轉化，這個階段主要積累形成花芽所需的營養物質、激素調節物質和遺傳物質等，為花芽的形態分化奠定物質基礎。形態分化階段則是在生理分化的基礎上，花芽的形態開始發生變化，逐漸可區分出花芽和葉芽，最終形成完整的花器官。
花芽分化的成功與否直接影響到植物的開花數量、花芽質量和坐果率，進而影響植物的產量。因此，花芽分化是決定植物繁殖成功與否的關鍵過程。