芹菜除草可以通過手工除草和化學除草劑兩種方法實現。對於小面積種植的芹菜，可以選擇手工除草，但這需要較多的人力和時間成本。大面積種植的芹菜園更適合使用化學除草劑，以節省時間和人力成本。在使用化學除草劑時，需要注意選擇合適的天氣和時間進行施藥，避免在雨天或高溫天氣使用，同時注意施藥前和施藥後的時間間隔。此外，要選擇正規廠家生產的除草劑，並嚴格按照說明書上的配比和使用方法施藥，注意保護好自己的皮膚和呼吸道。
在芹菜播種前或播後苗前，可以使用氟樂靈、二甲戊靈(施田補)、惡草酮(惡草靈)、精氟吡甲禾靈(高效蓋草能)等藥劑除草。例如，每畝用48%氟樂靈乳油100～150毫升對水40～50公斤，均勻地噴霧在土壤表面，然後淺混土，對芹菜出苗安全，除草效果好。或者在芹菜播種前每畝用33%施田補乳油100～150毫升對水40～50公斤，均勻地噴霧在土壤表面。
在芹菜移栽前或移栽緩苗後，可以選擇48%氟樂靈、33%除草通、48%地樂胺等藥劑噴霧處理土壤，結合中耕混土，對芹菜安全。
需要注意的是，除草劑的使用一般在雜草真葉長出之前效果最好，滅除大草用藥量要適當增加。地膜覆蓋田內使用除草劑時藥效更高，用藥量要相對減少，一般比露地用藥量減少20%左右。此外，每次除草劑噴霧使用的藥械一定要將殘液倒淨，並用鹼水清洗2～3遍，然後再用清水沖洗乾淨，以免殘留藥液造成藥害。