苗疆的姓氏主要來源於以下幾個方面：
遠古氏族部落和首領的名稱。如「仡濮」姓，可能源自先秦時期湘西和武陵五溪地區的古濮人。其他如「仡徠」、「仡軻」等也是源自遠古苗族首領和氏族部落名稱。
始遷祖公之名。例如「寨方」、「寨柳」等，這些姓氏來源於相應始遷祖的名字。
男性名稱。如劍河苗族的「尤」姓，來源於古代一個叫做「尤」的男性支系祖先。還有「當」姓，既作為人名也作為家族姓氏。
圖騰崇拜。某些苗族支系以動植物為圖騰，如以羊為圖騰的「蒙雌」、「卯蚩」、「姆赤」姓，或以魚為圖騰的「寨乃」家族。
苗族社會中還有一些常見的漢姓，如楊、王、李、謝、張、趙等，這些可能是從古代開始逐漸採用。苗族在家族組織上更強調「氏」而不是「姓」，意味著他們更多地識別自己是某位祖先的後裔，而不是特定的姓氏。