菌包的製作方法依據使用的原料和目的不同而有所區別。以下是一些常見的菌包製作方法：
蘑菇菌包。首先準備乾稻草或替代品（如麥秸或木屑），用石灰水浸泡或煮沸消毒。然後將處理好的材料放入塑膠筐中，覆蓋薄膜靜置1至3天。接下來，將材料裝入口袋，一層一層地添加蘑菇菌種，直到口袋裝滿，最後用棉花或棉布塞住袋口，用橡皮筋和報紙密封。將菌包用毛巾覆蓋，放在陰涼通風的地方，保持溫度在10至35度。
食用菌包（如香菇、杏鮑菇）。準備麵粉、酵母、蔥、姜、醬等食材。和面至表面光滑，醒發至蜂窩狀。準備菇類食材，如杏鮑菇和香菇，炒乾水分後與大醬、蔥花、薑末等調味料混合。將發好的麵團做成小麵團，包裹餡料，然後蒸製。
靈芝菌包。採摘成熟的靈芝，晾乾後翻模，使孢子散落。準備玉米粉、麥麩、米糠、石膏粉、蔗糖和水混合物作為培養基。將混合物倒入菌包中，加入靈芝菌蓋和其他材料，最後封口。將菌包放入恆溫培養室培養30至50天。
其他特殊形狀的食用菌包。使用麵粉、糖、豬油、泡打粉等食材製作麵皮。準備不同的餡料，如豬肉末、雞肉粒、香菇粒等，混合調味料。將麵皮包裹餡料，製作成特定形狀的菌包，如蘑菇形狀，然後蒸製。
每種方法都有其特定的步驟和原料需求，具體取決於想要製作的菌包類型。在製作過程中，保持適當的溫度、濕度和通風條件至關重要。