菠菜的病害防治主要涉及農業防治和藥劑防治兩個方面。
農業防治方面，可以採取以下措施：
與非綠葉菜類蔬菜如茄果類輪作，以減少病原菌的積累。
施用充分腐熟的有機肥，適時播種，適量澆水，並在雨後及時排水，降低田間濕度。
剷除田間和地邊的雜草，收穫後及時清除病殘體。
選擇無病種子，防止種子帶病傳播。
藥劑防治方面，可以採取以下措施：
種子處理，使用種衣劑處理種子後再播種。
發病初期，使用相應的農藥，如百分之七十二雙料錳鋅可濕性粉劑、百分之七十一氫氧化銅可濕性粉劑、百分之七十丙酚鋅可濕性粉劑、百分之六十九福痲林蒙新量等，每隔七天噴一次，連續噴兩到三次。
採收前十到十五天停止用藥。
此外，針對特定病害，如菠菜病毒病，可以使用咪鮮胺和殺菌劑如肟菌乙嘧酚的混合物進行防治。對於菠菜枯萎病，應避免連茬種植，保持田間清爽，及時拔除病株，並在發病初期使用多菌靈、乙磷鋁等藥劑進行噴施。