華佗是遭曹操懷疑後被殺死的。他在獄中被拷問致死，因此可以說他是在獄中拷問致死的，也可以說是被曹操殺死的。華佗的死因是拷問致死，具體來說，是因爲曹操懷疑華佗，將其下獄，並在獄中對其進行拷問，最終導致華佗死亡。