萱草和黃花菜雖然屬於同屬植物，但它們之間存在幾個主要區別：
顏色和花朵形狀。萱草的花朵通常呈橘紅色，而黃花菜（檸檬萱草）的花朵則是偏檸檬黃色。萱草的花冠更偏喇叭狀，而黃花菜的花冠較長，花瓣細長。
葉片形態。萱草的葉片相對較寬短，而黃花菜的葉片比較狹長。
食用性和藥用價值。黃花菜可以食用，且具有一定的藥用價值，而萱草通常不用於食用。
果實特徵。萱草的果實成熟後帶有小刺，而黃花菜的果實為黑橢圓形。
花果期。萱草的花果期在每年的5至7月份，而黃花菜的花果期則較長，在每年的5至9月份。
耐性。黃花菜對土壤的要求不嚴苛，較為耐旱和耐貧瘠；相比之下，萱草適宜生長在肥沃且疏鬆透氣的砂質壤土中。
綜上所述，萱草和黃花菜在顏色、形狀、食用性、藥用價值、果實特徵、花果期及生長適應性等方面都有所不同。