藥局在不同的歷史時期和地區有不同的含義。在古代，藥局是指負責管理和分配藥品的官方機構，類似於現在的藥品監督管理局。例如，在1988年，國家醫藥管理局是國務院直屬的職能部門，負責全國藥品（不含中藥材、中藥飲片、中成藥）、醫療器械以及製藥機械、醫藥包裝的行業管理。
在現代，藥局通常指的是負責藥品監督管理的政府部門或機構。例如，烏魯木齊市食品藥品監督管理局是烏魯木齊市人民政府主管全市食品藥品監督工作的工作部門，負責藥品、醫療器械的行政監督和技術監督，以及藥品不良反應、醫療器械不良事件監測等職責。
此外，藥局在古代還是本草之代名詞，指的是集本草之大成者，負責道地藥材的製造和好藥的製造，以治世救人，利國利民。