蛋白質的保存方法取決於其類型、純化狀態以及預期用途。短期（1至數日）保存和長期（一周以上）保存的方法有所不同。以下是蛋白質的短期保存和長期保存：
短期保存。蛋白質樣品通常在4℃下儲存於緩衝液中。如果需要更長時間的保存，可以考慮使用其他方法。
長期保存。將蛋白質沉澱並在4℃下以懸浮形式保存，或使用硫酸銨沉澱蛋白質後，在液氮中冷凍並在-80℃或更低溫度下儲存。
此外，還有凍乾保存和甘油保存的方法，凍乾保存涉及將蛋白質透析到合適的緩衝液中並凍乾，然後在4℃下保存；甘油保存適用於酶類蛋白質，在純化後加入50%甘油並分裝，然後在-20℃或-80℃下保存。白蛋白的特殊要求是避光冷藏，一般需要存放在2至8℃的環境中，但不能冷凍。具體選擇哪種保存方法，還需根據蛋白質的性質和實驗需求來決定。