蛋白晶片法是一種高通量技術，主要用於蛋白質功能分析，涉及蛋白質表達譜分析、蛋白質-蛋白質相互作用研究，以及DNA-蛋白質、RNA-蛋白質相互作用的研究。它也用於藥物作用靶點的篩選。
蛋白晶片法的原理是對固相載體（如玻片、矽、雲母或各種膜片等）進行特殊化學處理，然後將已知蛋白分子（如酶、抗原、抗體、受體、配體、細胞因子等）固定在其上。通過這些生物分子的特性，蛋白晶片法能捕獲並特異性結合存在於血清、血漿、淋巴、間質液、尿液、滲出液、細胞溶解液、分泌液中的待測蛋白。經過洗滌、純化和生化分析後，蛋白晶片法為獲取重要生命信息（如未知蛋白組分、序列、體內表達水平、生物學功能、與其他分子的相互調控關係、藥物篩選、藥物靶位選擇等）提供技術支持。
蛋白晶片的製備包括載體的製備、蛋白質的預處理、晶片點印、蛋白質的固定和晶片的封阻等步驟。探針的製備可以是低密度蛋白質晶片的特定抗原、抗體、酶等具有生物活性的蛋白質，而高密度蛋白質晶片則可能包含基因表達產生的幾乎所有蛋白質。
蛋白晶片法在藥物開發中扮演著重要角色，例如用於藥靶篩選、檢測與小分子結合的物質、研究小分子結構與蛋白質結構的結合方式等。此外，蛋白晶片法結合質譜技術可以直接檢測蛋白質，如表面增強雷射解析離子化-飛行時間質譜技術，能精確測定蛋白質的質量，從而分析其分子量和相對含量。