蛋白質染色方法主要包括以下幾種：
考馬斯亮藍染色法。這是最常用的方法，基於考馬斯亮藍染料與蛋白質結合的原理。這種方法成本低、操作簡單，但染色靈敏度相對較低，對低豐度蛋白質的顯現較差。
銀染法。銀染是一種高靈敏度的染色方法，其原理是在鹼性條件下，硝酸銀被甲醛還原成金屬銀，沉積在蛋白質條帶上。銀染的靈敏度高於考馬斯亮藍染色，但與質譜不兼容。
螢光染色法。這種方法主要使用SYPRO試劑，適用於需要高靈敏度和低背景的檢測。
負染法。常用於電子顯微鏡觀察，其原理是通過增加蛋白質的對比度來顯示蛋白質。
PAS染色法。主要用於檢測糖類、糖原或多糖類物質。
阿利新藍染色法。用於顯示酸性多糖物質，基於染料與酸性基團的鹽鍵作用。
碘染。在聚丙烯醯胺凝膠電泳中，碘可使白蛋白顯色，而其他蛋白質則不顯色。
金屬離子染色法。使用金屬離子如CuCl2、ZnCl2等進行負染，或CaCl2進行正染。
選擇哪種染色方法取決於具體套用的需求，例如靈敏度、是否需要質譜兼容性、是否需要可視化低豐度蛋白質等。