蛋白水解酶是一類能夠水解蛋白質的酶，根據其活性部位的性質，可以分爲四大類：
絲氨酸蛋白酶：這類蛋白酶的活性中心包括絲氨酸、組氨酸和天冬氨酸殘基。例如，胰臟分泌的各種內肽酶、與凝血、溶血纖維、補體系統有關的蛋白酶都屬於這一類。
巰基蛋白酶：這類蛋白酶的活性中心包括半胱氨酸和組氨酸殘基。植物來源的和細胞溶酶體內的某些組織蛋白酶屬於這一類。
天冬氨酸蛋白酶：這類蛋白酶的活性中心由兩個天冬氨酸殘基組成。例如，胃黏膜分泌的胃蛋白酶、腎臟中的血管緊張素釋放酶及細胞溶酶體中的某些組織蛋白酶等。
金屬蛋白酶：這類蛋白酶的活性中心包括金屬離子和其他氨基酸殘基。胰臟羧肽酶A的活性中心包括鋅離子(Zn²+)及穀氨酸、酪氨酸殘基，多數外肽酶及某些細菌蛋白酶屬於這一類。
常見的蛋白水解酶包括：
胃蛋白酶：從胃黏膜中分泌，能夠分解蛋白質爲微小肽片段。
胰蛋白酶：來自胰腺，能夠分解蛋白質爲多肽和氨基酸。
組織蛋白酶：存在於細胞溶酶體中，能夠分解蛋白質爲氨基酸。
木瓜蛋白酶：來源於木瓜，能夠在酸性、中性、鹼性環境下分解蛋白質。
菠蘿蛋白酶：來源於菠蘿，含有豐富的維生素和礦物質，有助於消化吸收。
胰凝乳蛋白酶：來自胰腺，對人體內的蛋白質分解起着重要作用。
此外，還有如鏈激酶、尿激酶、激肽釋放酶、細菌蛋白酶等。