蛋白質摺疊是指蛋白質從無規則捲曲轉變為具有特定功能性三維結構的過程。這個過程可以分為幾個層次：
初級結構。不同的胺基酸分子通過肽鍵（共價鍵）連線形成肽鏈，這是蛋白質的基本結構。
二級結構。肽鏈通過氫鍵等相互作用形成α螺旋或β折皺等特定的局部結構。
三級結構。二級結構進一步通過靜電相互作用（如鹽橋）、範德瓦爾斯力、疏水相互作用等形成三級結構。
四級結構。多個蛋白質分子通過非共價鍵相互作用，形成具有特定三維空間構象的複合物。
蛋白質摺疊過程中，除了二硫鍵外，主要是氫鍵等非共價鍵的斷裂和形成。目前學界對於蛋白質摺疊的具體機理尚未形成統一的認識，經歷了從「摺疊核」模型到層次摺疊（碰撞擴散）模型，再到「摺疊核凝縮」模型等多種理論。此外，多種實驗手段如光譜技術、質譜和核磁共振等被用於研究這一過程。