蛋白質溶解度受多種因素影響，主要包括：
pH值。蛋白質在等電點時溶解度通常最低。當pH值高於或低於等電點時，蛋白質的淨電荷爲負或正，這通常促進溶解。但不同蛋白質對pH值的敏感性不同，例如酪蛋白和大豆蛋白在等電點時幾乎不溶，而乳清蛋白的溶解度在等電點時仍然較好。
離子強度。低離子強度時，蛋白質表面的電荷被鹽的離子中和，產生電荷屏蔽效應，這可能降低或提高蛋白質的溶解度，具體取決於蛋白質表面的性質。高離子強度時，蛋白質可能發生鹽析，即溶解度降低甚至產生沉澱。
溫度。大多數蛋白質在0至40℃的溫度範圍內溶解度隨溫度升高而提高。但超過40℃後，蛋白質可能因變性而聚集和沉澱，導致溶解度下降。
溶劑類型。不同溶劑的極性和介電常數會影響蛋白質分子的結構和溶解度。例如，水溶性非離子聚合物如聚乙二醇能引起蛋白質沉澱，而某些有機溶劑如乙醇和丙酮能降低水介質的介電常數，提高靜電作用力，促進蛋白質溶解。
蛋白質的組成和結構。不同氨基酸的親水性差異、蛋白質的四級結構以及環境因素（如溶液的濃度、是否含有其他蛋白質或大分子）都影響蛋白質的溶解度。
綜上所述，蛋白質溶解度是一箇複雜的多因素平衡結果，可以通過改變這些條件來調節蛋白質的溶解度，從而用於提取、分離或純化蛋白質。