蜂巢蜜的保存時間和方法取決於多種因素，包括其原始狀態、存儲條件以及是否經過加工等。以下是詳細介紹：
未經加工的蜂巢蜜。在蜂巢中時，其幾乎沒有保質期，可以長久保存，這是因為蜜蜂會不斷清理和替換。
已經從蜂巢中取出的蜂巢蜜。在常溫下只能保存5到10天，如果放在冰櫃中冷凍（-18℃），其保存期可達兩年；如果在5℃左右的冷藏環境中，其保質期約為兩個月。
真空條件下。蜂巢蜜可以保存更長時間，甚至3到5年。
此外，蜂蜜的質量也會影響其保存時間，純天然、高波美度的蜂蜜（成熟蜜）含水量少，更容易儲存。儲存時應避免高溫、光照和潮濕，最好密封保存。儘管如此，一般建議蜂蜜存放超過三年後就不要再食用了，因為營養成分可能會流失，口感和活性降低。