製作蜜丸的過程主要包括以下步驟：
煉蜜。這是確保蜜丸質量的關鍵步驟。蜂蜜的選擇應是無異臭、無雜質、稠似凝脂的乳白色或淡黃色蜂蜜。煉蜜的目的是去除雜質、殺死微生物、蒸發水分並增強粘性。煉蜜的程度分為嫩蜜、煉蜜、老蜜三種，不同程度的蜜適用於不同性質的藥材。
準備藥材。將藥材粉碎成細末，並通過篩選去除粘連的部分。對於含水分較多的藥材，需要進行乾燥處理。
和藥。將藥粉與煉好的蜂蜜混合，形成軟硬適中的藥團。蜂蜜和藥粉的比例通常為1:1至1:1.5，具體取決於藥材的性質。
制丸。將藥團製成丸條，然後分割成小丸。手工製作可以使用搓丸板，工業生產中則可能使用機器。
乾燥和包裝。製作好的蜜丸需要乾燥處理，以確保穩定性和藥效。乾燥方法取決於使用的蜂蜜類型和丸的特性。完成後，蜜丸應妥善包裝，以保持其品質。
這一過程需要一定的技巧和經驗，特別是在煉蜜和和藥的比例掌握上。