製作蜜丸的過程主要包括以下步驟：
粉碎原料。將所需的藥材粉碎成細末，並通過過濾篩篩選，以防止粘連。對於含水分較多的藥材，需要先進行乾燥處理，然後將藥末裝入容器備用。
熬煉蜂蜜。將蜂蜜入鍋加熱，待出現小泡後繼續加熱，直到氣泡變大。熬煉的量應與藥末的重量成正比。
混合藥蜜。在蜂蜜還未完全冷卻的情況下，將藥粉慢慢倒入其中，攪動至完全融合，形成軟硬適中的團狀物。
揉搓藥丸。將藥蜜團揉成大小適中的藥丸，可以根據需要進行分量。
分丸乾燥。將揉好的藥丸鋪平晾涼，等待其乾燥後，按劑量進行分裝。
此外，在選擇蜂蜜時，根據藥材的特性選擇合適的蜂蜜類型（如嫩蜜、中蜜或老蜜），並在制丸過程中注意藥粉和蜂蜜的比例、藥丸的重量和大小。在製作過程中，可能還需要使用一些潤滑劑如甘油或芝痲油來避免藥團粘手或粘附器具，使藥丸更加圓滑光亮。完成後，使用蠟紙、保鮮膜或塑膠袋等將蜜丸包裝好，並存放在陰涼乾燥處。