谷蠹防治可以採用多種方法，主要包括化學防治、物理機械防治、中藥防治和生物防治。
化學防治方法包括使用80%敵敵畏乳油0.2~0.3克/米3噴在木板上，然後密閉倉庫進行熏蒸，或用磷化鋁熏蒸。
物理機械防治方法有利用谷蠹不耐低溫的特點，採用冷凍殺蟲。冬季可以把庫溫降至0.6℃以下，持續7天以上，也可以將蟲糧在倉外薄攤後冷凍。或者採用高溫殺滅，把糧庫內溫度升到55℃，即可殺死該蟲。
中藥防治方法有中藥浸泡、中藥燻烤和中藥沖洗。中藥浸泡是利用中草藥的天然殺蟲成分對谷蠹進行防治的方法。常用的中藥包括艾葉、桂皮、苦參、茶葉等。中藥燻烤是將中草藥烤熏後釋放出天然殺蟲成分,達到殺蟲的效果。常用的中草藥包括苦楝、辣椒、蘆薈、大蒜等。中藥沖洗是將中草藥煮沸後,利用藥水將被害穀子沖洗乾淨,達到谷蠹防治的效果。常用的中草藥包括花椒、柿子皮、龍膽草等。
生物防治方法是當小麥中除蟲脲劑量達1—10mg／kg時，能有效防治谷蠢一年之久。
此外，農戶或小型糧庫也可以使用糧食防蟲包裝袋，可有效地防治小麥、玉米、粟、豆類、稻穀害蟲，同時還可防止霉變，有效期2年，對已生蟲的糧食，裝入袋後一周，殺蟲效果80%，二周後殺蟲效果達100%。