豆腐的凝固原理主要涉及豆漿中的蛋白質在添加凝固劑後發生的凝聚反應。具體來說，大豆蛋白顆粒在豆漿中由於帶有相同電荷而相互排斥，保持膠體狀態。當凝固劑（如滷水或石膏）加入後，其中的陽離子或陰離子會中和膠體粒子所帶的電荷，使蛋白質顆粒的相互排斥減少，從而聚集成較大的顆粒並從水中沉澱出來。這一過程稱為膠體的凝聚。豆漿中的蛋白質在加熱過程中已經部分凝固，凝固劑的加入進一步促進了蛋白質分子間的聚集，形成網路狀結構，從而轉變為豆腐。
此外，豆腐的凝固也可以看作是蛋白質的凝膠化過程，即蛋白質分子通過共價鍵或非共價鍵組成的具有持水能力、一定彈性與黏度的網狀結構。這一過程不僅包括電荷中和導致的凝聚，還涉及蛋白質分子間通過共價鍵或非共價鍵形成的網狀結構。